《南通大学学报（医学版）》原为《南通医学院学报》，1981年创刊，原刊号CN 32-1142/R， ISSN 1000-2057，季刊。南通大学组建后，2005年第1期起改现刊名。2009年，经国家新闻出版总署批准，《南通医学院学报》更名为《南通大学学报（医学版）》，刊号为CN 32-1807/R ，ISSN 1674-7887。由季刊改为双月刊，每期80页。南通大学主办，江苏省教育厅主管，国内外公开发行。现为江苏省一级期刊及统计源期刊，中国医学文摘系列、中国药学文摘、中文科技资料目录—医药卫生和中医药等收录期刊；中国期刊全文数据库、中国核心期刊（遴选）数据库、中国学术期刊综合评估数据库源期刊。本刊设有基础研究、临床研究、研究简报、技术方法、调查报告、病例报告、文献综述等栏目。

《南通大学学报（医学版）》1989年江苏省高校学报及全国医学院校学报质量评比中分别获三等奖和优秀奖；；1992年全国科技期刊评比中荣获交通部优秀科技期刊奖；；1999年4月荣获江苏省优秀自然科学学报二等奖。